私は同じ問題を抱えています、そしてそれは良い回避策のないシステムバグ（10.10.1）であると思います。セカンダリディスプレイに余分なスペースがなくても、再起動するたびにメインディスプレイに余分なスペースが表示されます。
私が試したさまざまなアプローチとそれぞれの結果をまとめます。最初のものだけが私のためにそれを完全に解決しました、しかしあなたがあなたの二次ディスプレイを新しい一次ディスプレイにすることに慣れる必要があるので理想的ではありません。
（私の2つのディスプレイはサイズが異なるため、解決方法が制限されています。）
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あなたのセカンドディスプレイがあなたのMacから
"プライマリ"として見えているなら（起動画面のAppleロゴが最初に表示されますか？）、あなたはあなたのセカンダリにメニューバーを移動するためにアレンジメントのディスプレイ環境設定を使うことができます。表示。試してみたところ問題は解決しましたが、デフォルトではすべてセカンダリディスプレイになります。新しい通知、新しいウィンドウなどがセカンダリディスプレイにポップアップ表示されます。理想的ではありませんが、再起動のたびにスペースがメインディスプレイにプッシュされる問題を解決しました。
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あなたのセカンドディスプレイがあなたのMacから
"プライマリ"として見えているなら（起動画面のAppleロゴが最初にここに表示されますか？）、そしてたぶんこれらのディスプレイのポートを交換できます。私はこれを行うためにアダプタを購入しましたが、それは私にとっては全くの失敗でした。私が小型ディスプレイをどこに接続していようと、Macは毎回ブート画面にこれを選びました。私はすべてのディスプレイ設定を捨てて、PRAMを新鮮に始めるためにザッピングしました…私が何を試みても、より小さなセカンダリディスプレイがプライマリとして起動しました。メニューバーを環境設定の同じ画面に設定していない限り、報告しているバグは残ります。
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アップルフォーラムで、自動ログインを無効にすることを何人かのユーザーから報告されていますそれを完全に解決しました。このトリックも私には失敗しました。デスクトップの写真を移動したりサイズを変更したりする必要がなくなったため、起動プロセスはよりきれいに見えましたが、ログインした後も、1つのディスプレイに移動するという根本的な問題は残りました。
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Mission
Control設定の[表示にスペースがある]項目をオフにします。実用的な解決策ではありません。これは病気を治すために患者を殺すようなものです。早急に対処する必要がある別のスペースを使用すると明らかにバグがあります。
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2つのディスプレイのサイズが同じで、どちらがプライマリディスプレイであるかが気にならない場合は、起動時にAppleロゴが表示されているディスプレイがメインディスプレイになります。メニューバーをこのディスプレイに移動するには、[配置]の[ディスプレイの設定]を使用します。それから物理的にあなたの好みに合わせてあなたの実際のコンピュータの机の上にそれらを配置します。これは唯一の完璧な解決策ですが、明らかにあなたはどの物理的ディスプレイがプライマリとして設定されても構わない場合にのみうまくいきます。
EDIT:
この回答を投稿してから、2014年12月18日に私のApple開発者アカウントを使ってこのバグをAppleに提出しました。私のバグレポート（19299246）の現在のステータスは
"open"です。私はAppleのバグを追跡しながらこの答えを更新します。