ツールによっては、CMDの "pipe"（ | ）オプションと同様のファイルを入力（テキストのみ）として渡すことができます。このアプローチは、標準入力をデータのソースとして使用するツール（つまり、Windowsに組み込まれた findstr などのほとんどの検索および置換ツール）でのみ可能です。
そうでなければ - いいえ。
アプリケーションの一部として証明書がある場合（埋め込みリソース）、すでに証明書がディスクに存在していることに注意してください。それを別のツールに使用させるために、短い時間だけ別々に保存することに大きな違いはありません。あなたが本当にそれらを守る必要がある場合 - サインを扱う安全な場所に別のマシンを持ってください。