destinationViewControllerのインスタンスを作成して編集することができます。
UIViewController *nextController = [segue destinationViewControler];
[nextController setID:1];
[nextController setName:@"name"];
カスタムクラスを使って作業している場合は、少し違う方法で行う必要があります:
YourClass *nextController = (YourClass *)[segue destinationViewController];
[nextController setID:1];
[nextController setName:@"name"];
何かタイプミスがあれば申し訳ありません。私はこれが複数のアプリケーションで使用されているので、この機能が分かります。