あなたのモジュールがjarであり、別のモジュールによる依存関係としてインクルードされている場合、logback.xmlは実際にはありません。jarのユーザは、ログ設定を決定する必要があります。また、ユーザーがログの実装を選択する必要があるため、依存関係としてlogbackをリストしてはいけません。
私はあなたの2つのモジュールの一方が他方に依存していると仮定します。したがって、依存モジュールはlogback.xmlを持つべきであり、もう1つはlogback.xmlを持つべきではありません。
各モジュールを単体テストしている間に logback-test.xml を src/test/resources に配置し、logbackをテストスコープの依存関係として追加できます。この方法では、モジュールの依存関係としてリストされず、ログバックXMLファイルはエクスポートされません。