私があなたの要求を正しく読んだとき、2つのFirefoxアドオンの組み合わせがその仕事をすることができました：
Markdown Editor allows you to open/create, edit, and save Markdown documents – using a syntax you're already familiar with from Stack Exchange. This would include e.g. nested lists and hyperlinks:
Markdown Editor (source: Mozilla.org; click images for larger variants)
2番目のスクリーンショットが示すように、アドオンの分割ビュー機能を使用すると、それらのリンクを「クリック」することができます。 "キャプチャ"リンクを簡単にするために、私は2番目のアドオンをお勧めします：
CoLT （「リンクテキストのコピー」の略）を使用すると、リンクのテキスト、またはリンクテキストとURLの両方を、指定した形式で簡単にコピーできます。この非侵襲的な拡張機能は、リンクを右クリックするとコンテキストメニュー項目として表示されます。完全にカスタマイズ可能！
CoLT (source: Mozilla.org; click images for larger variants)
私はすでに何年も前から CoLT を使っています。私はここで提案しているのと同様にたくさん使っています。Markdownのドキュメントにリンクを挿入することです（Markdownの "document" SEサイトで）、少なくとも私はこの部分を保証することができます。
Edit:
As akavel pointed out in the
comments, there's also Easy
Copy –
which somewhat acts like "CoLT on steroids" (much more configurable
and feature rich). Make your own choice here :) For example, with Easy
Copy you can configure to get a selected fragment of text from a
website into clipboard too, using the following snippet:
* [%page_title%](%page_url%) (%date%)
> %selection%
次に、私の組み合わせがあなたの要件にどのように合っているかを見てみましょう
- Must be offline (does not store bookmarks "in the cloud"): Check.
- Must handle thousands of bookmarks (acceptable limit is about 5000): you didn't specify across how many documents they can be split, so: Yes, at least when spread about several documents :) Not sure if the editor has a limit – and if, where it lies.
- Gratis or very low cost: Gratis, but donations accepted (both addons)
- Windows compatible: I cannot test that currently – but at least for CoLT the answer is a definitive yes (have used it on Windows already when at my customers' places)
- The functionality of a bookmark must include storing a URL that, when clicked, opens a web site: Yupp, see "split view".
Conclusion: If it's acceptable to use two addons to accomplish the task, these two should do. If not, CoLT could be substituted by (Easy Copy and/or) additional handiwork :)