クロマトグラフィーのベースライン配置

私はGoogleで探していましたが、クロマトグラフィーでベースラインの配置を行う方法については説明できませんでした。クロマトグラム上にベースラインを置くためのアルゴリズムとは何ですか?それらのアルゴリズムはどのように機能しますか? (Pythonの実装への参照は大歓迎です)。

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2 答え

私はビーズをPythonで実装し、Matlabコードで検証します。 関数は次のとおりです: https://github.com/hsiaocy/Beads うまくいけば、使用するときに多くの問題が起きることはありません。

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追加された
ご協力ありがとうございます。私はそれを一般的なBEADSページに追加しました。ここでは他の実装を見つけることができます laurent-duval.eu/…
追加された 著者 Laurent Duval,

いくつかの物理化学的方法では、ベースラインを閉形の線形でモデル化することができる。これは、典型的にはクロマトグラフィーの場合ではなく、クロマトグラフィーの種類(gaz、液体)によってさらに悪化する可能性がある。

したがって、信号の種類に合ったものと思われるいくつかの形態的特性に頼らざるを得ません。与えられた多項式でバックグラウンドをモデル化したり、ピークの導出可能性を仮定したりすることができます。そして、コスト関数を適合させるか、最適化します。

最近の研究では、疎な派生物でスパースなガウスピークをモデル化しました。ピークは通常陽性であると付け加えます。次に、ベースラインは、ローパスフィルタを使用した後でも十分に滑らかであると仮定します。最後に、ガウスノイズを考慮しますが、ポアソンノイズでも動作します。

BEADS(Baseline Estimation and Denoising w/Sparsity)法が記載されており、Xiaoran Ning、Ivan W. Selesnick、Laurent Duval、Chemometrics、および、 "Sparsity(BEADS)を用いたクロマトグラムのベースライン推定およびノイズ除去"の​​2つの他の方法と比較される。 Intelligent Laboratory Systems、2014年12月、 http://dx.doi.org/10.1016 /j.chemolab.2014.09.014

私たちは関連するMatlabツールボックスをMatlabで利用できます。 C ++ R 、および Python で提供されるバージョンは、コンパニオン BEADS ページに移動します。

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追加された
@Galenはあなたのベースライン作業に成功しましたか?
追加された 著者 Laurent Duval,
私はPythonのビーズ実装をコーディングし始めました。ドキュメンテーションには何を含める必要がありますか?
追加された 著者 Eloy,
私はクロマトグラフィのニーズに合わせて高密度マトリクスを使って行列演算を実装することができましたが、疎行列で多くの問題が発生しました。
追加された 著者 Eloy,