UINavigationController内のcurrentViewControllerのビューにアクセスし、そのビューフレームを変更する必要があると思います。
NSArray *controllers = [navController viewControllers];
// loop through and find the controller you want
// controller.frame.size.height= newHeight
ルートビューコントローラのビューサイズも変更する必要があります。