ソリューションを構築するようにMSBuildを設定し、プロジェクトごとにビルドされたDLLを1つのディレクトリに、外部ライブラリを別のディレクトリに配置します

Visual Studioのリファレンスで CopyLocal プロパティを false に設定しようとしましたか？ CopyLocal の詳細については、 msdn を参照してください。この設定は、msbuildが非GACの参照をあなたのbinディレクトリにコピーするのを止めます

This is the best solution for me. You can set this way default value for Private property for all references and project references. I'm using it for local & server builds. If you need to disable copying references into your bin dir during compilation using VS2010 you have to set < Private > property to False for every (project) reference directly in the project file. Visual Studio and MSBuild set Private properties to True by default.